Jeenbekov sinh ra ở Biy-Myrza. Anh trai ông, Asylbek Jeenbekov, cũng là một chính trị gia. Jeenbekov đã tham dự Học viện Nông nghiệp Kyrgyz ở Skryabin, tốt nghiệp kỹ thuật động vật học. Năm 2003, ông hoàn thành các nghiên cứu tiếp theo, tốt nghiệp chuyên ngành kinh tế của Đại học Nông nghiệp Quốc gia Kyrgyz.